Yüzde tabanlı String Eşleme Problemi için yeni bir donanım modülü tasarımı
Yükleniyor...
Dosyalar
Tarih
2016
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Bir verinin bir dizgi içerisinde veya bir gen yapısının bir DNA gen dizilimi içerisinde arama işleminin gerçekleştirilmesi için çeşitli algoritmalar kullanılmaktadır. Kullanılan bu algoritmalardan bazıları bize mutlak eşleşme olmadığı durumlarda olumsuz dönüt vermekte, bazıları ise "bunu mu arıyorsunuz" diye alternatifler sunmaktadır. Her iki algoritma da genel amaçlı PC'lerde saniyeler süren işlemler sonucunda bize dönüt verebilmektedir. Bu çalışmada bize hem mutlak eşleşmeyi hem de hedef dizgi içinde yüzdelik eşleşme oranlarının gerçekleştiği konumu veren FPGA çiplerine yönelik yüksek performanslı bir donanım modülü tasarlanmıştır. Geliştirilen modülün veri işleme hızı farklı PC'lerle karşılaştırılmış ve 2300 kata kadar daha hızlı arama gerçekleştirdiği karşılaştırma sonuçlarından elde edilen veriler ile doğrulanmıştır.
Various algorithms are used to perform search operations in an array structure or a gene in a DNA gene sequence data. Some of these algorithms provide results if there is an exact matching between the source and the target arrays while some others provide us some alternative results and ask us 'Did you mean this'. Both types of algorithms return results after running for seconds on general purpose computers (PC) depending on the size of the data being searched. In this study, we designed a hardware module for FPGA chips to perform both exact and percentage based string matching. In the case of percentage based matching, the module provides a location in target string on which the highest percentage of matching between the source and target occurs. The module's performance was compared to different PCs and it was observed that it can return a result up to 2300 times faster than PCs.
Various algorithms are used to perform search operations in an array structure or a gene in a DNA gene sequence data. Some of these algorithms provide results if there is an exact matching between the source and the target arrays while some others provide us some alternative results and ask us 'Did you mean this'. Both types of algorithms return results after running for seconds on general purpose computers (PC) depending on the size of the data being searched. In this study, we designed a hardware module for FPGA chips to perform both exact and percentage based string matching. In the case of percentage based matching, the module provides a location in target string on which the highest percentage of matching between the source and target occurs. The module's performance was compared to different PCs and it was observed that it can return a result up to 2300 times faster than PCs.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Kaynak
Sakarya Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi
WoS Q Değeri
Scopus Q Değeri
Cilt
20
Sayı
3
