Yazar "Dulger, Gorkem" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 13 / 13
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Agaricus bisporus Ekstraktı Kullanılarak ZnO Nanopartiküllerinin Yeşil Sentezi: Yapısal Karakterizasyonu ve Biyolojik Aktivitelerinin İncelenmesi(Düzce Üniversitesi, 2023) Bekem, Ravza; Durmuş, Sefa; Dalmaz, Aslıhan; Dulger, GorkemNanoteknolojinin ilginç yönlerini keşfetmek adına son yıllarda birbirinden farklı birçok çalışma yapılmaktadır. Nanomalzeme üretiminin hızlı gelişimi, çok çeşitli alanlarda metal oksit (ZnO) uygulamalarını da beraberinde getirmiştir. Çinko oksit nanopartikülleri (ZnO NP), ticari kullanım için mekanik veya kimyasal olarak elde edilebilir. Ancak, bu tekniklerin ortaya çıkardığı çevre sorunları bir hayli dikkat çekmiştir. Günümüzde, ZnO NP’nin yeşil sentezi, çevre sorunlarını azaltmayı amaçlayan araştırma alanında özellikle ilgi görmektedir. Bu yeşil yaklaşımda, bitki özü, mikroorganizma, mantar ve alg gibi doğal bazlı malzemeler, biyoaktif fitokimyasallardaki zenginleşmeleri nedeniyle biyo-indirgeyici ve biyo-stabilizatör olarak kullanılmaktadır. Bu çalışmada, ZnO NP farklı çinko tuzları ile doğal bir ürün olan mantar ekstraktı (Agaricus bisporus) kullanılarak sentezlenmiştir. Elde edilen ZnO NP X-ışını kırınımı (XRD), Fourier dönüşümü kızılötesi spektroskopisi (FT-IR), Taramalı elektron mikroskobu (SEM) analizi, Enerji dağılımlı X-ışını analizi (EDX) ile karakterize edildi. Son olarak ZnO NP’nin bakteri ve funguslara karşı antimikrobiyal aktiviteleri kuyu difüzyon yöntemi ile ölçülerek sonuçlar kaydedildi.Öğe Dynamic serum biomarkers in infantile hemangioma: the role of VEGF-B, AKT, and eNOS in lesion regression(Springer, 2025) Cakmak, Hatice Mine; Kiliccioglu, Ilker; Dulger, GorkemInfantile hemangioma (IH) is the most common vascular tumor in infancy. This study aimed to investigate serum levels of VEGF-B, AKT, and eNOS in complicated versus uncomplicated cases of infantile hemangioma and evaluate their correlation with clinical regression scores over time. In this prospective study, we followed 64 patients with intrahospital hemorrhage (IH). Patients were grouped into two categories: complicated (n = 44) and uncomplicated (n = 20). Serum/plasma samples were collected on day 0 from all patients and on days 30 and 60 from complicated cases. ELISA techniques were used to quantify serum VEGF-B, AKT, and eNOS levels. A novel four-domain clinical regression scoring system (size, color, surface, and vascular activity; total 0-12 points) was developed and applied for the first 3 months of follow-up at each visit. VEGF-B, AKT, and eNOS serum levels were significantly higher at baseline in complicated IH and decreased over time with regression. However, AKT serum levels showed a significant decline only in the days of 60 (p = 0.043). Clinical regression scores increased in parallel, with substantial differences between healed and non-healed cases. ROC analysis revealed that day 30 and day 60 clinical scores strongly predicted complete healing (AUC = 0.739 and 0.850, respectively).Conclusion: The VEGF-B/VEGFR-1, AKT/mTOR, and eNOS pathways appear central to IH pathogenesis. Serum levels of these molecules may serve as dynamic biomarkers of disease phase and response to therapy. This study contributes novel data supporting potential targets for future personalized treatment strategies with a novel 3-month follow-up regression score predicting resolution.What is Known:center dot Angiogenic mediators such as VEGF-A, bFGF, Akt, and eNOS are elevated during the proliferative phase of infantile hemangioma and decline with propranolol treatment.center dot Previous studies have primarily investigated tissue-level expression, and there is limited clinical data on serum VEGF-B, Akt, and eNOS levels in IH patients.What is New:center dot This is the first clinical study to longitudinally measure serum VEGF-B, AKT, and eNOS levels in infantile hemangioma patients and track their changes during treatment-induced involution.center dot A novel, four-domain clinical regression scoring system (size, color, surface, vascular activity) was introduced and shown to predict treatment response within the first 60 days of follow-up.Öğe Epigenetik Düzenlemenin Kanser Üzerine Etkileri(Deneysel, Biyoteknolojik, Klinik ve Stratejik Sağlık Araştırmaları Derneği, 2021) Engin, Muhammet Mesut Nezir; Engin, Esra Özen; Eröz, Recep; Dulger, Gorkem; Yüce, HüseyinEpigenetik DNA dizisindeki değişikliklerden kaynaklanmayan, ama aynı zamanda kalıtsal olan gen ekspresyon değişikliklerini inceleyen biyoloji bilim dalıdır. Epigenetiğin moleküler temeli karmaşık bir olaydır ve belli genlerin ne zaman ve nasıl aktive edileceğini belirler. Kanser, hücrelerin kontrolsüz bir şekilde çoğaldığı ve daha sonra yayıldığı bir hastalık olarak karakterize edilir. Kanser, genetik ve / veya epigenetik değişikliklerin birikmesinin neden olduğu multifaktöryel bir hastalıktır. Epigenetik mekanizmalar, DNA metilasyonu, histon modifikasyonları ve kodlanmayan ribonükleik asit regülasyonunu içerir. Epigenetik mekanizmalar tümör davranışını ve dolayısıyla klinik seyri etkiler. Tanı, tedavi ve prognozu belirleyecek bir biyobelirteç olması ileride birçok kanserin tanı ve tedavisinde kullanılmasını sağlayacaktır. Epigenetik mekanizmalar ile kanser arasındaki ilişkiye yönelik ileride yapılacak çalışmaların kanser tedavisi için umut olacağına inanıyoruz.Öğe Evaluation of antifungal activities of the ethalolic extract of the macrofungus Suillus collinitus against dermatophytes(Abdullah KAYA, 2025) Akkoyunlu, Ayşegül; Dulger, Gorkem; Dülger, BaşaranIn this study, the ethanolic crude extracts obtained from the macrofungus Suillus collinitus (Fr.) O. Kuntze (Suillaceae, Bolatales) were investigated for their antifungal activities against dermatophytes such as the isolates Microsporum gypseum, Trichophyton rubrum and Epidermophyton floccosum by the agar well diffusion method as well as tube dilution method. The ethanol extracts have a strong effect with mean values zone of inhibition at different concentrations and a wide zone of inhibition was determined at 1500 mg/mL (20.8 mm) for M. gypseum, (18.2 mm) for T. rubrum and (16.8 mm) for E. floccosum. MIC of M. gyspseum at 50 µg/mL, MIC of T. rubrum at 60 µg/mL and E. floccosum at 70 µg/mL were observed, respectively. Terbinafine as the comparison antifungal agent gave MIC values between 10 µg/mL for E. floccosum and T. rubrum and 20 µg/mL for M. gypseum. These findings against dermatophytes support our observations regarding the use of this macrofungus among the public. Besides, the findings of this screening study are a preliminary step to further pharmaceutical researches on the relevant macrofungus in the future.Öğe Evaluation of Benzothiazole-Chalcone Hybrids: Apoptosis Induction, Docking Analysis, and Anticancer Potential in Gastric Cancer Cells(Springer, 2025) Kiliccioglu, Ilker; Dulger, Gorkem; Musatat, Ahmad Badreddin; Atahan, Alparslan; Caliskan, Emel; Alpay, Merve; Zengin, MustafaThis study investigated a series of chalcone derivatives containing benzothiazole groups (C1-7) for their antimicrobial, antioxidant, and anticancer potential against gastrointestinal cancer cell lines. The compounds showed the highest antiproliferative effect in AGS gastric cancer cells compared to HCT116 colon cancer and HepG2 hepatocellular carcinoma cells. Among the tested compounds, C3 and C4 exhibited the most potent antiproliferative effects (IC50 = 7.55 mu g/mL and 8.25 mu g/mL at 48 h, respectively), significantly outperforming Cisplatin (IC50 = 15.71 mu g/mL). Mechanistic investigations revealed that C3 and C4 induce apoptosis by upregulating caspase-3, -8, and -9, suppressing anti-apoptotic Bcl-2, and elevating pro-apoptotic Bax and p53 proteins. These compounds also impeded AGS cell migration. Antimicrobial evaluations demonstrated an effective profile against multi-drug resistant bacteria, and their effects were comparable to those of the reference antibiotic Ciprofloxacin (< 0.5 g/mL). Antifungal activity results showed that MIC values ranged from < 0.5 to 256 mg/mL. Antioxidant profiling identified C1 as the most potent antioxidant, while C3 exhibited a unique dual role as an oxidant and pro-apoptotic agent. DFT computational studies harmonized the experimental findings, with molecular docking revealing high binding affinities of C3 and C4 to apoptosis regulators Bcl-2 and survivin. ADME predictions affirmed favorable drug-likeness, with moderate solubility, optimal distribution, and synthetic feasibility. This study provides a robust framework for developing benzothiazole-chalcone hybrids as precision therapeutics, positioning C3 and C4 as promising candidates for gastric cancer therapy.Öğe Evaluation on Antimicrobial Activity of The Lichen Pleurosticta acetabulum(Düzce Üniversitesi, 2023) Dülger, Başaran; Dulger, Gorkem; Gedik, Bahar; Oran, SeyhanIn this study, the ethanol extract of the lichen Pleurosticta acetabulum (Neck.) Elix & Lumbsch (Parmeliaceae) was investigated for their antimicrobial activity against various microorganisms by the disc diffusion method. Mycobacterium smegmatis CCM 2067, Micrococcus luteus CCM 169, Staphylococcus aureus ATCC 6538P, Proteus vulgaris ATCC 8427, Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, Listeria monocytogenes ATCC 15313, Klebsiella pneumoniae UC57, Bacillus cereus ATCC 7064, Escherichia coli ATCC 10536, Rhodotorula rubra DSM 70403, Candida albicans ATCC 10231 and Kluyveromyces fragilis ATCC 8608 were used as test microorgams. We have found that the ethanol extract of the lichen has a potential antimicrobial effect against all tested microorganisms, forming inhibition zones between 12.6-22.4 mm, as compared with the standard antibiotics. Notably, the extract has a strong effect against Escherichia coli and Staphylococcus aureus, especially Candida albicans. In conclusion, P. acetabulum may assist in the discovery of new antimicrobial agents that can serve as selective agents or in the preparation of new combined therapeutic drugs. However, the effect of this lichen species on more pathogenic organisms should be investigated and further and detailed pharmacological and toxicological studies should be conducted.Öğe Hypericum calycinum L. ve Parietaria officinalis L. Ekstraktlarının Antimikrobiyal, Antibiyofilm ve Quorum Sensing İnhibitör Aktivitelerinin Karşılaştırmalı in vitro Çalışması(Düzce Üniversitesi, 2024) Akkoyunlu, Ayşegül; Dulger, GorkemAmaç: Bu çalışma, Hypericum calycinum L. ve Parietaria officinalis L. bitkilerinden elde edilen etanol ekstraktların hem anti-virülans hem de antimikrobiyal etkilerini açıklamaya çalışmaktadır.Gereç ve Yöntemler: Antimikrobiyal aktivite, insan idrar yolu enfeksiyonlarında (İYE) rol oynayan beş bakteri ve iki maya izolatına karşı kuyu difüzyon yöntemi ile değerlendirilmiştir. Ardından, ekstraktların Quorum Sensing (QS) mekanizmasını inhibe etme potansiyeli biyosensör suşu Chromobacterium violaceum ATCC 12472 kullanılarak değerlendirilmiştir. Ek olarak, antibiyofilm aktiviteleri, Escherichia coli ve Pseudomonas aeruginosa üzerinde mikroplaka biyofilm deneyi kullanılarak araştırılmıştır.Bulgular: H. calycinum, 100 mg/mL konsantrasyonda Candida albicans'a karşı 24.5±0.71 mm inhibisyon zonu ile en yüksek inhibitör etkiye sahipken, P. officinalis aynı konsantrasyonda E. coli'ye karşı 15.5±0.71 mm inhibisyon zonu ile en yüksek etkisini göstermiştir. Genel olarak, H.calycinum, P. officinalis'e kıyasla daha güçlü antimikrobiyal aktivite sergilemiştir. Her iki bitki ekstraktı 10-12 mm arasında değişen, benzer seviyelerde QS’i inhibe etmiştir. Ekstrelerin antibiyofilm etkisi bakteri türüne göre değişmekle beraber E.coli üzerinde, tüm konsantrasyonlarda %80'in üzerinde antibiyofilm etkinliği sergileyen P. officinalis ekstraktı özellikle dikkate değerdir.Sonuç: Bu çalışma, H. calycinum L. ve P. officinalis L.'in İYE patojenlerine karşı güçlü antimikrobiyal ajanlar olduğunu ortaya koymaktadır. Ayrıca, anti-QS mekanizmasına karşı etkinlikleri istisnai olmasa da, E. coli biyofilm oluşumunun belirgin şekilde engellenmesi, zorlu ajanlar olarak potansiyellerinin altını çiziyor. Temel bir araştırma olarak planlanan bu çalışma, bitki ekstraktlarının umut verici antimikrobiyal özelliklerini vurgularken, bunların QS ve biyofilm önleyici ajanlar olarak yeteneklerinin ortaya koyulduğu ilk çalışma niteliği taşımaktadır.Öğe Lamium galeobdolon (L.) L. ve Lamium purpureum L. Etanolik Ekstraktlarının Antimikrobiyal, Anti-quorum sensing ve Antibiyofilm Potansiyelleri(Oktay YILDIZ, 2024) Akkoyunlu, Ayşegül; Dulger, GorkemBakteriler, patojeniteyi kontrol etmek için quorum sensing (QS) adı verilen bir iletişim mekanizması yoluyla hareket eder. Biyofilm oluşumu QS mekanizması tarafından desteklenen bir süreçtir ve antibiyotik direncinde rol oynadığı bilinmektedir. Çalışmada Lamium galeobdolon ve Lamium purpureum bitkilerinden elde edilen etanol ekstraktlarının antimikrobiyal, anti-QS ve antibiyofilm kapasiteleri belirlendi. Bitki ekstraktlarının antimikrobiyal aktivitesi çeşitli hastane izolatlarına karşı kuyu difüzyon deneyi ile araştırılmıştır. Ekstraktlar, tüm bakteri ve mayalara karşı antimikrobiyal etki göstermiştir. L. purpureum'un 100 mg/mL dozunda Candida guilliermondii mayasına karşı 27.5 ± 0.71 mm'lik inhibitör etkisi dikkat çekicidir. Ekstraktların anti-QS potansiyeli, viyolasin pigment inhibisyonuna dayanan kuyu difüzyon deneyi ile değerlendirildi. L. purpureum ekstraktı, Chromobacterium violaceum ATCC 12472 biyosensör suşuna karşı daha yüksek seviyede anti-QS etkisi gösterdi. Biyofilm oluşturan Escherichia coli izolatına karşı antibiyofilm kapasitesi kristal viyole boyama yöntemiyle belirlendi. L. purpureum ekstraktı en yüksek dozda E. colibiyofilmine karşı %89.66 oranında inhibitör etki göstermiştir. Her iki bitkinin de anti-patojenik özelliklere sahip olduğu kanıtlanmıştır. Ancak L. purpureum bitkisinin, L. galeobdolon bitkisine göre anti-patojenik özelliği daha yüksek bir bitki olduğu söylenebilir.Öğe Phytochemical profiling, anticancer effects on hepatocellular carcinoma and antimicrobial activities of four edible fungi: Unraveling mechanisms by molecular docking studies(Elsevier, 2025) Kurman, Yener; Dulger, Gorkem; Nazli, Hakan; Gedik, Gulsah; Dulger, Basaran; Musatat, Ahmad BadreddinEdible mushrooms, with their nutritional composition, pleasant taste, and flavor, have been used in food and traditional medicine worldwide for many years. Due to their secondary metabolites, they exhibit broad biological activities. This research aimed to analyze the phenolic contents by Liquid chromatography-mass spectrometry (LC/MS) and investigate the anticancer and antimicrobial properties of Cantharellus cibarius, Craterellus cornucopioides, Ramaria formosa, and Hydnum repandum extracts. The antimicrobial and antioxidant activity of extracts was determined by the well diffusion method and colorimetric assay kit, respectively. The extracts' ability to inhibit cell proliferation was tested on hepatocellular carcinoma (HCC) cell line HepG2 and Human umbilical vein endothelial cells (HUVECs) using the WST-1 (2-(4-iodophenyl)-3-(4-nitrophenyl)-5-(2,4-disulfophenyl)-2Htetrazolium, monosodium salt) assay. The effect of H. repandum extract on the levels of Bcl-2-Associated X (Bax), B-cell lymphoma 2 (Bcl-2), caspase-3, cyclin D1, and p53 proteins' expression was assessed through the western blot, and its influence on apoptosis was investigated using flow cytometry. Antimicrobial activity results revealed that the extracts produced inhibition zones ranging from 9.8 to 16.8 mm against bacteria and 9.8-17.6 mm against yeasts. H. repandum showed high antibacterial and antioxidant (7.45 +/- 0.17 mmol Trolox equivalent/L) activities attributable to its high chlorogenic and gallic acid content. H. repandum also showed the highest selective cytotoxicity against HepG2 cells compared to control HUVECs. H. repandum extract triggered apoptosis in HepG2 cells, markedly elevated the expression of Bax, p53, and caspase-3, and substantially reduced the levels of cyclin D1. Binding interactions between caspase-3 and the most abundant compounds in the H. repandum extract, alongside their pharmacokinetic profile, were supported by molecular docking analysis and absorption, distribution, metabolism, and excretion (ADME) studies.Öğe Salvia verticillata subsp. verticillata Bitkisinin Fungal Patojenlerine Karşı Antifungal Aktivitesi(Duzce University, 2021) Dulger, Gorkem; Dülger, BaşaranAmaç: Bu çalışmada, Lamiaceae familyasından Salvia verticillata subsp. verticillata L. (Lamiaceae) bitkisinden elde edilen yaprak, kök ve kombine (yaprak+kök) ekstresinin antifungal aktivitesinin araştırılması amaçlandı.Öğe Synergistic fusion of carbazole, quinoline, and chalcone scaffolds: A computational and experimental exploration of hybrid compounds as selective anticancer agents(Elsevier, 2025) Musatat, Ahmad Badreddin; Kiliccioglu, Ilker; Louaileche, Tinhinane; Dulger, Gorkem; Maouche, Chaima; Tabti, Salima; Kurman, YenerNovel carbazole-quinoline-chalcone hybrids (nQCC1-4) were synthesized via Claisen-Schmidt condensation and evaluated against AGS gastric adenocarcinoma cells. The most potent compound, 1QCC-1, exhibited significant antiproliferative activity (IC50 values of 19.11 mu g/mL and 7.91 mu g/mL at 24 h and 48 h). Compounds 1QCC-4, 1QCC-3, and 2QCC-2 demonstrated comparable cytotoxic efficacy against AGS cells. Density functional theory (DFT) calculations revealed substituent-dependent electronic properties, with chloro-quinoline derivatives displaying enhanced electrophilicity (omega = 13.745-14.157 eV) and reduced HOMO-LUMO gaps (Delta E = 3.304-3.347 eV), correlating with improved bioactivity profiles. Molecular docking studies identified robust binding interactions with oncogenic targets, MAPK1 p38 kinase, HER2, and RhoA, with 1QCC-4 exhibiting superior binding affinity for HER2 (Delta G = -12.05 kcal/mol, IC50 = 1.48 nM) through hydrogen bonding with Lys114 and it-alkyl interactions with Leu156. ADMET profiling highlighted favorable drug-likeness parameters despite solubility challenges (LogS = -7.846 to -6.291) and potential CYP450 inhibition. Non-covalent interaction (NCI-RDG) and molecular electrostatic potential (MEP) analyses elucidated key stabilizing interactions and nucleophilic/electrophilic hotspots. These hybrids represent a strategic integration of natural product pharmacophores, leveraging synergistic electronic and steric effects for selective kinase inhibition, positioning them as promising leads for targeted gastric cancer therapy.Öğe Ticari Bal Kullanılarak ZnO Nanopartiküllerinin Yeşil Sentezi, Yapısal Karakterizasyonu ve Biyolojik Aktivitelerinin İncelenmesi(Düzce Üniversitesi, 2023) Gençay, Simge Nur; Durmuş, Sefa; Dalmaz, Aslıhan; Dulger, GorkemNanopartiküllerin sentezi, yeni teknolojilerin geliştirilmesiyle birlikte ilgili potansiyel uygulamalar için yeni bir araştırma alanıdır; özellikle, çevre dostu nanomalzemeler, nanobilim içinde büyüyen bir alan haline gelmiştir. Son zamanlarda, bitki özleri ve arı ürünleri kullanılarak metal oksit nanopartiküllerin sentezi, nanobilim ve nanobiyoteknoloji alanında, geleneksel fizikokimyasal yaklaşımlara göre sayısız avantajlarla ilgi çekici bir konu olarak ortaya çıkmıştır. Bu çalışmada, çinko oksit nanopartiküllerin (ZnO NP’in) sentezi için, kestane (Castanea sativa) balı kullanarak yeni, "daha yeşil", biyolojik olarak yönlendirilmiş, düşük maliyetli ve çevre dostu bir yöntem geliştirildi. ZnO NP'lerin sentezi için öncü bileşik olarak ticari kestane balı kullanılırken, metal tuzu olarak ise çinko nitrat hekzahidrat kullanıldı. ZnO NP’nin yapıları, Fourier Dönüşümü Kızılötesi Spektroskopisi (FT-IR), X-ışını Kırınımı (XRD), Taramalı Elektron Mikroskobu (SEM) ve Enerji Dağılımlı X-ışını analizi ile araştırıldı. Elde edilen ZnO NP’nin bakteri ve funguslara karşı antimikrobiyal aktiviteleri kuyu difüzyon yöntemi ile ölçüldü ve sonuçlar kaydedildi.Öğe Toprak Streptomyces İzolatlarının Cryptococcus neoformans Kültürlerine Karşı Antifungal Aktivitesi(Duzce University, 2021) Dulger, Gorkem; Dülger, BaşaranBu çalışmada, Düzce ili topraklardan elde edilen 128 farklı Streptomyces izolatlarının % 26,5'inin Cryptococcus neoformans ATCC 90112 mayasına karşı antifungal aktivite gösterdiği saptanmıştır. Agar plağında oluşan inhibisyon bölgesinin çapı dikkate alınarak izolatlar dört bölüme ayrılmıştır. Buna göre, bölüm 1 (5-10 mm, hafif aktif); bölüm 2 (11-15 mm, orta derecede aktif), bölüm 3 (16-25 mm, yüksek derecede aktif) ve bölüm 4 (26-35 mm, ultra aktif) olarak belirlenmiştir. Bölüm 4'teki 3 izolatın ise kriptokokkoz hastalığına karşı yeni bir antibiyotik kaynağı olabileceği saptanmıştır.
