Yazar "Akbaş, Emel" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 6 / 6
  • Küçük Resim
    Öğe
    2004-2021 yılları arasında Düzce Üniversitesi'nde izole edilen mycobacterium tuberculosis suşlarında rifampisin ve ikinci jenerasyon antibiyotik direnç genleri araştırılması
    (Düzce Üniversitesi, 2022) Akbaş, Emel; Şahin, İdris
    Amaç: Çalışmamızın amacı, laboratuvarımızda izole edilen M. tuberculosis komplex suşlarında gelişen antibiyotik direncine neden olan gen paternlerinin moleküler yöntemlerle belirlenmesidir. Gereç ve Yöntem: Çalışmamıza, 2004-2021 yılları arasında identifiye edilmiş ve antibiyotik duyarlılığı belirlenmiş olan rifampisin dirençli 21 M. tuberculosis komplex suşu dahil edildi. Bu suşların Genotype MTBC kiti ile türüne ve Genotype MTBDR plus kiti ile rifampisin direncine neden olan gen paternine bakıldı. Bunların içinden rifampisin ve izoniazid direnci birlikte olan çoklu ilaca dirençli 12 suşa Genotype MTBDR sl kiti ile ikinci nesil ilaç direncine neden olan gen paternine bakıldı. Bulgular ve sonuç: Rifampisin dirençli 21 izolat GenoType MTBC yöntemi değerlendirildiğinde 19'u (%90,4) M. tuberculosis/canetti olarak sonuçlandı, ikisi bu test ile değerlendirilemedi. Bunların yedisi (%36,8) Genotype MTBDR plus ile rifampisine dirençli iken 12'si (%63,2) duyarlı bulundu. Dirençli olanların ise birinde (%14,3) WT8 ve WT6 bantlarında, birinde (%14,3) WT8 bandında silinme gözlenirken, birinde (%14,3) WT7 bandında silinme ile rpoBMUT2A mutasyonu ve dördünde (%57,1) WT8 bandında silinme ile rpoBMUT3 mutasyonu birlikte görüldü. Suşların 7'si (%36,8) Genotype MTBDR plus ile INH için dirençli iken 12'si (%63,2) duyarlı olduğu görüldü. Dirençli olanların ise beşinde (%71,4) katGWT bandında silinme ile katGMUT1 mutasyonu ve ikisinde (%28,6) yalnızca ınhAMUT3B mutasyonu görüldü. Çoklu ilaca dirençli 10 M. tuberculosis izolatının GenoType MTBDR sl ver 2.0 yöntemi ile dokuzunda genotipik olarak ikinci nesil ilaçların hiçbirine karşı direnç paterni gözlenmedi. Bir suş bu test ile değerlendirilemedi. Sonuç olarak fenotipik direnç gözlenen suşlarda her zaman geotipik ilaç direnci gözlenmeyebilir. Laboratuvarımızda rifampisin için en sık rastlan genotipik patern WT8 bandında silinmeyle birlikte rpoBMUT3 olarak belirlendi. Anahtar Kelimeler: M. tuberculosis komplex, Rifampisin direnci, İzoniazid direnci, Çoklu ilaca direnç
  • Küçük Resim
    Öğe
    Çok ilaca dirençli gram negatif bakterilerdeki seftazidim-avibaktam duyarlılığının araştırılması
    (2023) Akbaş, Emel; Keskin, Banu Hümeyra; Kayman, Hande; Yekenkurul, Dilek; Çalışkan, Emel; Öksüz, Şükrü; Şahin, İdris
    Çoklu ilaca dirençli (MDR) Gram negatif bakteriyel patojenler ciddi mortalite ve morbidite ile seyreden enfeksiyonlara neden olabilirler. Bu izolatların etken olduğu enfeksiyonlarda tedavi seçenekleri sınırlıdır. Çalışmamızda çeşitli klinik örneklerden izole edilen MDR Gram negatif bakterilerde seftazidim-avibaktam duyarlılık oranının araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya Düzce Üniversitesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarında Temmuz 2018-Temmuz 2022 tarihleri arasında çeşitli klinik örneklerden izole edilen Enterobacterales ve Pseudomonas aeruginosa suşları dahil edildi. Tür düzeyinde tanımlama ve antimikrobiyal duyarlılık testleri için klasik yöntemlere ilave olarak otomatize sistem (VITEK 2 Compact /Phoenix) kullanıldı. Bunların içinden MDR olduğu saptanan izolatlarda disk difüzyon yöntemi ile seftazidim-avibaktam (10-4 ?) (Bioanalyse, Türkiye) duyarlılığı araştırıldı. Çeşitli klinik örneklerden toplam 83 adet MDR Enterobacterales ve 33 adet MDR P. aeruginosa olmak üzere 116 suş izole edildi. İzolatların 45’i (%38.7) seftazidim-avibaktama duyarlı bulundu. Seftazidim-avibaktam duyarlılığı Enterobacterales için %44.6 iken, P. aeruginosa suşlarında %24.2 olarak saptandı. Sonuç olarak çalışmamızda, MDR Enterobacterales’te en etkili antibiyotik kolistin (p<0.001), ikinci seftazidim-avibaktam (p<0.001) oldu. MDR P. aeruginosa suşlarında da en etkili antibiyotik kolistin (p<0.001) olmakla birlikte; gentamisin, amikasin ve seftazidim-avibaktam duyarlılıklarının benzer olduğu görüldü (p<0.819). Yapılan çalışmalarda P. aeruginosa'nın seftazidim-avibaktama karşı direnç oranlarının diğer Gram-negatif patojenlere göre daha yüksek olduğu gösterilmiştir. Sonuçlarımız seftazidim-avibaktamın MDR-Enterobacterales ile gelişen enfeksiyonların tedavisi için bir alternatif olabileceğini; ancak, MDR-P. aeruginosa suşlarında duyarlılık test sonuçlarının önemli olduğunu düşündürmektedir.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    İndirekt immünofloresan testi ile değerlendirilen otoantikor pozitifliklerine Şiddetli Akut Solunum Yolu Sendromu Koronavirüsü 2 pandemisinin etkisinin araştırılması
    (Hayat Sağlık ve Sosyal Hizmetler Vakfı, 2025) Karamurat, Zeynep Dilara; Çalışkan, Emel; Akbaş, Emel; Öksüz, Şükrü; Şahin, İdris
    Amaç: Bu çalışmanın amacı Severe Acute Respiratory Syndrome-Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) enfeksiyonu ile sistemik veya organa özgü otoimmün hastalıklar arasındaki olası ilişkiyi belirlemektir. Yöntemler: Çalışmamıza Mart 2018 ile Mart 2022 tarihleri arasında çeşitli kliniklerden, otoimmün hastalık ön tanısı olan hastalardan Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı’na gönderilen serum örnekleri dâhil edildi. Bu dönemde laboratuvarımızda çalışılan indirekt immünofloresan antikor test sonuçları hastanemiz otomasyon sisteminden elde edilerek retrospektif olarak değerlendirildi. Bulgular: Coronavirus Disease 2019 (COVİD 19) pandemisinden önceki iki yılda ve pandemi dönemindeki iki yılda indirect immunofluorescence assay (IIAF) değerlendirmesi yapılan 8325 hastanın 2256’sında anti-nükleer antikor (ANA) pozitifliği saptandı [2038 hastada tekli patern (1363’ü benekli), 218 hastada çoklu patern]. Otoantikor pozitifliğinin zaman içindeki değişimi incelendiğinde, pandeminin ilk iki yıllık döneminde önceki iki yıla göre ANA, anti-double-stranded DNA antibody (anti-dsDNA), antigliadin,anti-islet cell antibody (anti -ICA) ve anti-Gliadin otoantikorlarının pozitiflik oranlarında istatistiksel olarak anlamlı bir artış olduğu tespit edildi. anti-mitochondrial antibody (AMA),, anti-smooth muscle antibody (ASMA), anti-Endomysium, anti-neutrophil cytoplasmic antibody (ANCA), otoantikorlarının ise pozitiflik oranlarında COVID-19 pandemi döneminde ve öncesinde farklılık gözlenmedi. Sonuç: Pandemi döneminde ANA, anti-dsDNA, anti-ICA, anti-Gliadin otoantikorlarının pozitiflik oranlarının artması, COVID-19 sürecinin bazı otoimmün hastalıkları etkileyebileceğini düşündürdü.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Investigation of the relationship between fluconazole susceptibility, proteinase activity and ERG11-SAP2 Expression in Candida albicans strains isolated from clinical samples
    (Mazandaran University of Medical Sciences, 2024) Ege, Nagihan; Oksuz, S.; Akbaş, Emel; Çalişkan, Emel; Sungur, Mehmet Ali
    Background and Purpose: Candida albicans is currently recognised as an opportunistic pathogen that can cause many invasive infections. Resistance mechanisms and fungal virulence factors play an important role in the effectiveness of treatment. The aim of this study was to investigate the relationship between fluconazole resistance, proteinase activity and ERG11 (sterol 14-demethylase)- SAP2 (secreted aspartic protease 2) gene expression levels in C.albicans strains. Materials and Methods: Candida albicans strains isolated from patient samples sent to Medical Microbiology laboratory of Düzce University from various clinics were included in the study. Fluconazole susceptibilities of the isolates were determined by broth microdilution method. The increase in fluconazole MIC values at 48 hours and proteinase activities of the isolates were analysed. ERG11 and SAP2 gene expression levels were measured by real time qPCR. Results: Fluconazole resistance rate was found to be 3.14% in 127 C. albicans strains. A moderate positive correlation was found between ERG11 and SAP2 values (p=0.029, r:0.655, p<0.001). There was no correlation between SAP2/ERG11 expression levels and fluconazole resistance. Proteinase positivity was detected in 81.1%, of 127 strains and no statistically significant correlation was found between proteinase activities and SAP2/ERG11 expression levels. While there was a statistically significant relationship between ERG11 expression levels and 48th hour MIC elevation, there was no statistically significant relationship between SAP2 levels and 48th hour MIC elevation. Conclusion: In addition to the moderate positive correlation between ERG11 and SAP2 values, a significant correlation was found between ERG11 expression and fluconazole tolerance. © 2025 Elsevier B.V., All rights reserved.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Mycobacteria Presence and Anti-Tuberculosis Drug Resistance Profile in Düzce Region: 18 Years of Experience
    (Düzce Üniversitesi, 2025) Akbaş, Emel; Keskin, Banu Hümeyra; Çalışkan, Emel; Öksüz, Şükrü; Şahin, İdris; Öztürk, Cihadiye Elif
    Aim: The aim of this study was to determine the frequency of Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) and non-tuberculous mycobacteria (NTM) growth among mycobacterial isolates collected over 18 years from patients suspected of having tuberculosis, and to evaluate the resistance rates of MTBC strains to first-line anti-tuberculosis drugs. Material and Methods: A total of 17,199 clinical specimens, sent to the Mycobacteriology Laboratory, Department of Medical Microbiology, at Düzce University Health Application and Research Centre between 2004 and 2021 for suspected tuberculosis, were retrospectively analyzed in this study. To differentiate MTBC from NTM, the TBC Identification Test was performed to detect the MPT64 antigen of the MTBC. Ehrlich-Ziehl-Neelsen (EZN) staining method was used to detect the presence of acid-fast bacilli (AFB). Results: Out of the samples with suspected tuberculosis, mycobacterial growth was detected in 896 (5.2%) cases. Among these, 824 (91.9%) were identified as MTBC, while 72 (8.1%) were classified as NTM. EZN staining revealed that 404 (45.1%) out of the 896 isolates were found AFB positive. Analysis of first-line anti-tuberculosis drug susceptibility in the 824 MTBC isolates revealed that 194 were resistant to at least one first-line anti-tuberculosis drug. Of these, 135 isolates showed resistance to a single drug, while 59 exhibited resistance to more than one drug. Conclusion: Tuberculosis remains a significant public health problem both globally and in Türkiye. Regular investigation of local and regional growth patterns and resistance profiles is crucial for achieving the goals of tuberculosis elimination and eradication.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Winters Are Always Harsh: Factors Affecting Prognosis in Children Diagnosed with Lower Respiratory Tract Infection
    (Duzce University, 2025) Kurt, Fatih; Temizkan, Ramazan Cahit; Akbaş, Emel; Kaya, Abdulkadir; Sağlam, Mukaddes Kılıç; Kocabay, Kenan
    Aim: A significant proportion of patients with acute lower respiratory tract infections (ALRTIs) require hospitalization. This study aims to determine the prognostic factors affecting morbidity and mortality by comparing respiratory infection panels, demographic characteristics, and laboratory findings of patients diagnosed with ALRTI who required hospitalization and those treated on an outpatient basis. Material and Methods: Ninety-three patients diagnosed with ALRTI based on history, physical examination, chest radiography, and laboratory tests, who presented to our pediatric health and diseases clinics, were included. The patients' chest radiographs, demographic data, and laboratory and clinical findings were compared. Results: Of the cases included in our study, 56 (60.22%) were treated through hospitalization. The respiratory infection panel identified RSV in 44 (47.31%) cases and Influenza A in 20 (21.5%) cases. It was found that the infectious agents had no significant effect on the length of hospital stay. In our study, patients infected with Influenza had a longer disease duration compared to other cases, but their fever degree, WBC, and neutrophil count were lower. When comparing cases infected with bacterial, viral, and co-infection agents, it was found that the co-infected cases had significantly higher fever degrees and plasma C-reactive protein (CRP) levels. Viral and co-infected cases had significantly lower sPO2 levels. Conclusion: It was observed that plasma vitamin levels and infectious agents did not affect the need for hospitalization. Co-infected cases had significantly higher fever degrees and plasma CRP levels, while viral and co-infected cases had significantly lower sPO2 levels.